Вот Вам инструкции по ручному удалению. Всё очень просто и тривиально. Действуем через админпанель SQL-запросами.
Admin -> SQL Management -> SQL Toolbox -> Run a Query для английской версии или же ниже для русской.
Админцентр -> Управление SQL -> Утилита SQL -> Выполнить запрос
Выполните по очереди, по одному следующие запросы.
Код
DELETE FROM ibf_message_text
Код
DELETE FROM ibf_message_topics
Код
UPDATE ibf_members set new_msg = 0, msg_total = 0, show_popup = 0;
Код
UPDATE ibf_member_extra set vdirs = NULL;
Сделав первые два запроса Вы удалите все личные сообщения всех пользователей. Третий запрос обнулит счётчик сообщений. И последний запрос нужен чтобы у юзеров в inbox не показывало количество бывших сообщений.
Вот и всё. :)